Alates 1665. aastast kuulus kogu mõis Zoegede suguvõsale. Johann Leonhard Soye (Zoege) abiellus Margarethe Ungerniga, kuid mõlemad surid noorelt ning nende poja Andrease lapsendas Margarethe õde Anna von Ungern. Andreas astus Rootsi teenistusse, kuid hukkus merereisil Rootsi juba 1665. aastal.
Andrease lapselaps ja Muuga mõisnik Gotthard Johann Zoege abiellus Margaretha Elizabeth von Güntersbergiga, kelle perekonna omanduses olevate mõisate omanikuks ta nüüd sai. 1756. aastal moodustas ta Puurmani, Jõgeva, Pakaste ja Härjanurme mõisatest majoraadi. 1763. aastal sai ta riigikrahvi tiitli ja perekonnanime Manteuffel. Sama aasta talvel ta suri. Abielust sündis 14 last, Muuga mõisa päris üks noorematest poegadest Friedrich Magnus (1727-1767). Pärast Friedrich Magnuse surma läks mõis edasi tema vennapojale, Gotthard Johann von Zoegele, kes mõisa 1776. aastal müüs.
Järgmisena on mõisa omanikest teada Jakob Gottlieb von Klugen (1761-1815), kes oli rüütelkonna maanõunik ja Klooga ning Kuijõe mõisa omanik.